Orkesterns rötter sträcker sig tillbaka till år 1790 då Musikaliska sällskapet i Åbo grundades. ÅFO blev en kommunal orkester år 1927 och bestod då av 29 musiker. Numera har orkestern 74 musiker.

Åbo filharmoniska orkesters chefsdirigent är John Storgårds och förste gästdirigent är den danske dirigenten Christian Kluxen.

Orkestern har gjort konsertturnéer i Sverige, Danmark, Norge, Estland, Belgien, Ryssland, Tyskland, Ungern och Kina. Orkestern har aktivt spelat in skivor och flera av inspelningarna har sålt platina. Orkestern har fått bl.a. priser vid Emma-galan och ICMA-priser för sina skivinspelningar.

Hösten 2026 inleds en ny period i Åbo filharmoniska orkesters historia när orkestern flyttar till Åbos nya musikhus Fuga. Förutom symfonikonserterna varje vecka arrangerar orkestern regelbundet även kammarmusikkonserter på Åbos historiska konsertplatser. Orkestern deltar även i operaproduktioner, arrangerar konserter och evenemang för hela familjen och arbetar mycket med tillgänglighetsfrågor.